발현 유전자 분석을 위한 고성능 클라우드 서비스 구축
| 저자 |
이병욱,고건환,변익수,윤종철,최동훈 |
| 학술지명 |
한국차세대컴퓨팅학회
논문지 |
| 권호사항 |
Vol.11No.3[2015]
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| 발행처 |
한국차세대컴퓨팅학회 |
| 자료유형 |
학술저널
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| 수록면 |
43-55 |
| 언어 |
Korean |
| 발행년도 |
2015 |
| 주제어 |
고성능
클라우드 컴퓨팅, 발현 유전자 단편 분석, 가상화, 오픈네뷸라, high-performance cloud computing,
expressed sequence tag analysis, virtualization, OpenNebula |
| 초록 |
논문에서는
고성능 컴퓨팅 클라우드 기반의 발현 유전자 분석 서비스를 제공하는 EST-cloud를 제안한다. EST 파 이프라인은 순차적 프로그램으로
구성되어 있어서, 고성능 컴퓨팅 시스템에서 EST 분석을 실행하려면 상당한 기술 노력을 요구한다. 이러한 이유로 고성능 컴퓨팅 지식이
충분하지 않은 생물정보학 연구자라도 이러한 문제를 쉽게 해결할 수 있도록 돕기 위해 EST-cloud를 개발하고자 한다. 이를 위해 EST
분석 파이프라인을 비교적 손쉬운 클 러스터 컴퓨팅 환경으로 확장하여, 사용자가 EST 분석을 가상화 기반의 클라우드에서 실행할 수 있도록
한다. 또한 EST 분석 파이프라인을 프라이빗 클라우드 인프라에 이식하여 웹 서비스로 제공한다. EST-cloud에서 가상 컴퓨 팅 및
스토리지 자원을 효율적으로 관리하기 위해, 가상 인프라를 동적으로 관리할 수 있는 KRSE를 고안하여 제시 한다. KRSE는 EST 분석
파이프라인의 분산 병렬 처리를 자동화하며, EST 분석 성능 (전체 처리시간)을 35% 정 도 절감한다. EST-cloud는
http://estcloud.kobic.re.kr에 접속하여 사용 가능하다. |
| 초록 |
In
this paper, EST-Cloud, which provides an analysis service of Expressed
Sequenced Tag (EST) based on cloud computing, is proposed. Since many EST
pipelines consists of sequential programs, it requires some technical efforts
to compute EST analysis on high performance computing systems. Hence, we
develop EST-Cloud to help bioinformatics researchers easily overcome this
problem without enough knowledge of high-performance computing. To do this we
extend EST analysis pipeline to a relatively low-priced cluster computing
environment, which allows users to execute EST analysis on a virtualized
cloud. We also transplant the EST pipeline on in-house private cloud
infrastructures and provides EST analysis as a web service. In order to
efficiently manage virtualized computing and storage resources for EST-cloud,
we devise a special-purpose scheduler, KOBIC Resource Scheduling
Engine(KRSE), which dynamically manages virtual infrastructure for EST-cloud.
KRSE automates distributed and parallel execution of EST analysis. By
applying KRSE to EST-cloud, total response time for EST analysis has been
reduced by 35%. EST-Cloud can be used at http://estcloud.kobic.re.kr. |
| 목차 |
요약
Abstract
1. 서론
2. EST 분석 파이프라인
3. EST-cloud
3.1 EST 분석 서비스
3.2 EST-cloud 가상 인프라 서비스
4. 가상 인프라 기반의 EST-cloud 성능 평가
4.1 실험 환경
4.2 실험 결과 및 분석
5. 관련 연구
6. 결론
Acknowledgement
참고문헌 |
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