관련 논문 - 그룹 구조를 갖는 고차원 유전체 자료 분석을 위한네트워크 기반의 규제화 방법 / 김기풍 외

로그인

공지

[ 2024-06-28 ] 2024년 하반기(7월) 유전자검사기관 종사자 교육 안내
[ 2024-06-12 ] 2024년 하반기 DTC 유전자검사기관 검사역량인증 사업 설명회 개...
[ 2024-06-11 ] 2024 연명의료결정제도 수기·영상 공모전 안내
[ 2024-06-05 ] [제63회 콜로키움] (구)독일 형법상 '업무상 자살 지원' 금지의 ...
[ 2024-06-05 ] 2024년 한국간호윤리학회 세미나 개최 안내(6/22(토))

그룹 구조를 갖는 고차원 유전체 자료 분석을 위한네트워크 기반의 규제화 방법 / 김기풍 외

15 유전학 조회 수 401 추천 수 0 2018.04.06 10:52:02

nibp *.223.3.98 https://www.nibp.kr/xe/info4_3/116471

발행년 :	2016
구분 :	국내학술지
학술지명 :	응용통계연구
관련링크 :	http://www.riss.kr/link?id=A103558700

그룹 구조를 갖는 고차원 유전체 자료 분석을 위한네트워크 기반의 규제화 방법

= Network-based regularization for analysis of high-dimensional genomic data with group structure

저자[authors] : 김기풍,최지윤,선호근
학술지명[periodical name] : 응용통계연구
권호사항[Volume/Issue] : Vol.29No.6[2016]
발행처[publisher] : 한국통계학회
자료유형[Document Type] : 학술저널
수록면[Pagination] : 1117-1128
언어[language] : Korean
발행년[Publication Year] : 2016

초록[abstracts]

[고차원 유전체 자료를 사용하는 유전체 연관 분석에서는 벌점 우도함수 기반의 회귀계수 규제화 방법이 질병 및 표현형질에 영향을 주는 유전자를 발견하는데 많이 이용된다. 특히, 네트워크 기반의 규제화 방법은 유전체 연관성 연구에서의 유전체 경로나 신호 전달 경로와 같은 생물학적 네트워크 정보를 사용할 수 있으므로, Lasso나 Elastic-net과 같은 다른 규제화 방법들과 비교했을 경우 네트워크 기반의 규제화 방법이 보다 더 정확하게 관련 유전자들을 찾아낼 수 있다는 장점을 가지고 있다. 그러나 네트워크 기반의 규제화 방법은 그룹 구조를 갖고 있는 고차원 유전체 자료에는 적용시킬 수 없다는 문제점을 가지고 있다. 실제 SNP 데이터와 DNA 메틸화 데이터처럼 대다수의 고차원 유전체 자료는 그룹 구조를 가지고 있으므로 본 논문에서는 이러한 그룹 구조를 가지고 있는 고차원 유전체 자료를 분석하고자 네트워크 기반의 규제화 방법에 주성분 분석(principal component analysis; PCA)과 부분 최소 자승법(partial least square; PLS)과 같은 차원 축소 방법을 결합시키는 새로운 분석 방법을 제안하고자 한다. 새롭게 제안한 분석 방법은 몇 가지의 모의실험을 통해 변수 선택의 우수성을 입증하였으며, 또한 152명의 정상인들과 123명의 난소암 환자들로 구성된 고차원 DNA 메틸화 자료 분석에도 사용하였다. DNA 메틸화 자료는 대략 20,000여개의 CpG sites가 12,770개의 유전자에 포함되어 있는 그룹 구조를 가지고 있으며 Illumina Infinium Human Methylation27 BeadChip으로부터 생성되었다. 분석 결과 우리는 실제로 암에 연관된 몇 가지의 유전자를 발견할 수 있었다.]

이 게시물을