웹 기반 유전체 데이터 분석 서비스 지원을 위한 서버-클라이언트 환경에서의 유전체 데이터 관리 시스템 개발

기타서명 Development of Genome data management system support Web based Genome data Analysis service
              in Server-Client Environment
저자 송명선
형태사항 vii , 55 p.: 삽화; 27 cm
일반주기 전북대학교
              지도교수:장재우
              참고문헌 : p.53-55
학위논문사항 학위논문(석사)-- 전북대학교 일반대학원 대학원: 전자.정보공학부(컴퓨터공학) 2012. 2
발행국 전라북도
언어 한국어
출판년 2012
소장기관 전북대학교 중앙도서관

 
초록
With increased attention to the medical field, many studies have been done on bioinformatics. Specifically, these studies gather Genome data such as DNA, RNA, Protein, matbolism and manages them to perform their analysis. Genome data contain more than 3 billion DNA sequencer and analyze them through many analysis steps. And Genome data management systems supporting web-based analysis service have been developed. However, the existing systems have the following problems. First, the existing systems can not support Genome data provenance management. Secondly, in case of system failure, the existing systems can not support the restart from a specific analysis step. Finally, the existing systems spend much time to transmit Genome data because they use conventional communication protocol. In this paper, to solve these problems, we develop a Genome data management system supporting web-based data analysis service in server-client environment. First, we design metadata considering the analysis feature of Genome data and develop the data manager based on the designed metadata. secondly, we propose provenance indexing tree(PI-Tree) for both Genome data provenance management and the specific dataset searching for a particular step. Thirdly, we develop a data transfer manager based on Rapidant for the high speed transfer of Genome data. Finally, we develop a user interface for supporting convenient service with our managers.

 
목차 ⅰ
그림 목차 ⅲ
표 목차 ⅴ
ABSTRACT ⅵ

제 1 장 서론 1

제 2 장 관련 연구 4
1절 InterMine 6
2절 BioMart Central Portal 7
3절 Open Genome Resource(OGeR) 8
4절 PROFESS 10

제 3 장 서버-클라이언트 환경에서의 유전체 데이터 관리 시스템 11
1절 설계 시 고려사항 및 시스템 구조 11
2절 유전체 데이터 관리 메타데이터 12
3절 유전체 데이터 관리자 14
4절 유전체 데이터 유래 관리를 위한 Provenance Indexing Tree(PI-Tree) 24
5절 유전체 데이터의 고속 전송을 위한 Rapidant 기반 전송 관리자 31
6절 사용자 인터페이스 34

제 4 장 성능평가 43
1절 실험 환경 43
2절 유전체 데이터 전송 성능평가 44
3절 PI-Tree의 성능평가 45
4절 성능분석 48
제 5 장 결론 51

참고 문헌 53